Блог

Jan 28, 2024

Bruker выпускает масс-спектрометр timsTOF Ultra с преобразующей чувствительностью

Хизер Холл | 8 июня 2023 г. На 71-м заседании ASMS, Bruker Corporation

Хизер Холл | 8 июня 2023 г.

На 71-м заседании ASMS корпорация Bruker объявила о трансформационной чувствительности платформы 4D-протеомики timsTOF с запуском новогоtimsTOF Ультра масс-спектрометр . Он включает в себя новый источник ионов Ultra с каптивной ионизацией распылением (CSI) с увеличенным капилляром и оптимизированным вихревым потоком газа, новую XR-ячейку TIMS 4-го поколения (разделение подвижности захваченных ионов) и 14-битный дигитайзер. ТимсТОФ Ультра может идентифицировать более 55 тысяч пептидов, которые картируются в 5000 белковых групп на одноклеточном уровне с нагрузкой белка 0,125 нг, при 1% FDR, и более 4800 белковых групп, количественно определяемых при CV <20%. Эта революционная чувствительность и производительность количественного анализа ниже уровня белковой нагрузки в 1 нг устанавливают новый стандарт. Непревзойденная чувствительность в сочетании с проверенной надежностью платформы timsTOF и рабочим циклом PASEF теперь до 300 Гц для МС/МС обеспечивает значительное дальнейшее улучшение производительности для сверхмалых объемов образцов, включая объективную протеомику отдельных клеток и липидомику отдельных клеток. , объективная пространственная протеомика, иммунопептидомика, фосфопротеомика, анализ PTM и исследования белок-белкового взаимодействия (PPI).

«Рабочий процесс Dia-PASEF с чувствительностью отдельных клеток на timsTOF Ultra вывел наши исследования протеомики тканей с низкими затратами на новый уровень. Использование 20-минутного градиента ЖХ с нанопотоком в сочетании с оптимизированным методом Dia-PASEF от Bruker (окно 3×8) «Теперь мы можем воспроизводимо количественно определять 1500–2000 белков из микрорассеченной лазером ткани FFPE печени мыши площадью всего 1500 мкм2, областей, соответствующих примерно 1-2 гепатоцитам», — сказал доктор Фабиан Кошиа, руководитель группы пространственной протеомики в Центре Макса Дельбрука. , Берлин.

Эти достижения timsTOF Ultra были достигнуты без ущерба для превосходной надежности высокопроизводительной протеомики, например, при 50 образцах в день (SPD) или даже до 398 SPD, а также высочайшей достоверности идентификации <1% пептида и <1 % белка FDR (уровень ложного обнаружения), что позволяет избежать перекрестной реактивности, наблюдаемой при использовании методов таргетного иммунного распознавания.

«Чтобы по-настоящему понять клеточные механизмы и заболевания, крайне важно различать различные типы клеток. Хотя анализ отдельных клеток изменил правила игры, мы сталкиваемся с препятствиями в максимизации его потенциала в отношении пропускной способности и групп белков, которые можно анализировать. биологический смысл для обнаружения 6000 или более белков в эксперименте на одной клетке.TimsTOF Ultra преодолел эти барьеры, позволяя нам исследовать протеом отдельных клеток со скоростью и беспрецедентной чувствительностью.Благодаря timsTOF Ultra анализ отдельных клеток достиг новые высоты, и я рад видеть, куда этот прорыв приведет нас дальше», — сказал профессор доктор Карл Мехтлер, руководитель протеомики Инновационного центра Научно-исследовательского института молекулярной патологии (IMP) Института Грегора Менделя (GMI). и Институт молекулярной биотехнологии Австрийской академии наук (IMBA).

Bruker также представляетVistaScan программное обеспечение для синхронизации линейного изменения TIMS с квадрупольным сканированием для получения дополнительной выгоды от информации о подвижности ионов в масштабе. Эта сложная динамическая связанная рампа поддерживает новуюмедиа-PASEFрежим, представленный Стефаном Тензером.

«Наша лаборатория специализируется на методах количественной протеомики, которые требуют высочайшей чувствительности и максимального извлечения информации. Вместе с Bruker мы разработали новый режим сбора данных сканирования PASEF с максимальным диаметром информации (мидиа), который обеспечивает чувствительность независимого от данных сбора (диа), при преобразовании данных в спектры, подобные зависимому от данных сбору (dda). Потенциал Midia-PASEF для иммунопептидомики и фосфопротеомики особенно интересен", - сказал д-р Стефан Тенцер, профессор количественной протеомики и руководитель основного центра MS Университета Йоханнеса Гутенберга в Майнце. .

Bruker имеет эксклюзивную лицензиюмедиа-PASEFиз Университета Иоганна Гутенберга в Майнце и планирует выпустить